As bases preliminares para a criação de um serviço de apoio aos estudantes da FMRP-USP surgiram em 1990, através de discussões da Comissão de Graduação, órgão responsável pelo ensino dessa Instituição. Na ocasião, existia apenas o curso de Medicina, e a ideia inicial era criar um serviço que prestasse assistência psicológica e/ou psicopedagógica ao aluno de Medicina, mas que tivesse ao mesmo tempo objetivos mais amplos do que o trabalho clínico assistencial. Levantou-se ainda a importância de se ater às questões que enfatizassem a prevenção e a promoção da saúde mental do estudante, não vinculando o serviço exclusivamente ao psicopatológico.

Desta forma, foi criado um órgão de apoio educacional e psicológico cuja consolidação efetiva ocorreu em 1990, denominado de Centro de Apoio Educacional e Psicológico – CAEP, que além de desenvolver atividades de atendimento psicológico e psicopedagógico, realizava estudos com o propósito de caracterização psicossocial da população discente, facilitando a detecção precoce das dificuldades emocionais e acadêmicas dessa população.

Posteriormente, a FMRP incorporou à sua estrutura de ensino 6 cursos na área da saúde: Ciências Biomédicas, Fisioterapia, Fonoaudiologia, Informática Biomédica, Nutrição e Metabolismo e Terapia Ocupacional.

Dessa forma, o CAEP ampliou suas atividades, voltando-se recentemente para propostas e projetos que tivessem como foco central o aprimoramento de ações voltadas para o ensino em cursos da área da saúde. É importante destacar que além das atividades destinadas ao atendimento psicológico, pedagógicos e psicopedagógico dos estudantes da FMRP, o CAEP tem dentre suas atribuições assessorias a temas específicos à Comissão de Graduação.

Assim, após sua consolidação em 1990 o serviço passou a atuar sob a forma de dois setores distintos (Psicologia e Educação), mas que se inter-relacionam em suas funções.